Le LabISEN et ses trois lignes de force sont concrétisés par une organisation en sept équipes de recherche thématiques : AutoRob, ESE, KLaIM, LSL, SEACom, UF et VISION-AD. Le groupe de recherche en développement Technologies du vivant et l’équipe observatrice en Sciences humaines, économiques et sociales complètent l’organisation.

Chacune de ces sept équipes et groupe de recherche se retrouvent dans au moins deux des trois lignes de force pour consolider le projet commun de recherche du LabISEN.